Hội Cựu Chiến Binh Trường Đại học Nha Trang được thành lập theo Quyết định của Hội Cựu Chiến Binh tỉnh Khánh Hòa trên cơ sở Thông tư liên tịch số 200/LT ngày 26 tháng 4 năm 1994,  của Hội Cựu chiến binh Việt Nam và Bộ Giáo dục - Đào tạo, đặc biệt sau khi có Chỉ thị 487_TTg của Thủ Tướng Chính Phủ về tổ chức và hoạt động của Hội cựu chiến binh trong cơ quan hành chính, sự nghiệp, doanh nghiệp nhà nước, Trường Đại học Nha Trang đã tiến hành tổ chức thành lập Hội Cựu chiến binh Trường Đại học Nha Trang. Hội Cựu chiến binh Việt Nam Trường Đại học Nha Trang là một tổ chức chính trị được thành lập muộn hơn so với những tổ chức chính trị xã hội khác của Nhà Trường. Từ ngày thành lập đến nay, Hội Cựu chiến binh Việt Nam Trường Đại học Nha Trang đã trải qua 02 kỳ đại Hội.

Căn cứ Thông tư liên tịch số 200/LT, ngày 26 tháng 4 năm 1994, của Hội Cựu chiến binh Việt Nam và Bộ Giáo dục - Đào tạo, Đảng uỷ, Ban Giám hiệu Nhà trường đã thành lập Ban Chấp hành lâm thời. Sau khi thành lập, Ban Chấp hành lâm thời đã tiến hành các bước chuẩn bị thành lập Hội Cựu chiến binh Nhà Trường. Hội viên là các đồng chí trực tiếp chiến đấu hoặc phục vụ chiến đấu trong hai cuộc kháng chiến chống Pháp, chống Mỹ, tham gia chiến tranh Biên giới, làm nhiệm vụ Quốc tế chống chế độ diệt chủng tại Campuchia, tham gia bảo vệ - xây dựng Tổ Quốc sau chiến tranh.

Đại hội Hội CCB Nhà Trường lần thứ 1 được tổ chức vào ngày 07/05/2009. Đại hội đã bầu ra BCH gồm 05 đồng chí, bao gồm: Đ/c Nguyễn Tiến Hóa, phó bí thư Đảng ủy làm Chủ tịch, Đ/c Trần Trọng Tải, phó trưởng phòng QT-TB làm phó Chủ tich; Đ/c Nguyễn Văn Bảo, CB Văn phòng Đảng ủy làm phó Chủ tịch; Đ/c Trần Khắc Dự, GV Khoa Khai thác Hàng hải làm ủy viên; Đ/c Nguyễn Văn Hân, GV khoa Cơ khí làm ủy viên. Dưới sự lãnh đạo của Đảng uỷ  Trường Đại học  Nha Trang, sự quan tâm chỉ đạo của chính quyền các cấp, Hội cựu chiến binh đã đoàn kết, hoạt động sáng tạo, thực hiện tốt Nghị quyết Đại hội nhiệm kỳ 2009-2012 và Nghị quyết của Hội cựu chiến binh tỉnh Khánh Hòa lần thứ 4, góp phần  cùng cán bộ viên chức và người lao động trong trường thực hiện thắng lợi nhiệm vụ chính trị của Nhà trường. Các chi hội đã duy trì sinh hoạt có chất lượng, thực hiện tốt các nhiệm vụ tham gia bảo vệ Đảng, bảo vệ chính quyền, động viên cựu chiến binh nêu cao ý chí, nghị lực, tham gia giáo dục truyền thống, lý tưởng cách mạng cho thế hệ trẻ.

Đại hội Hội CCB Nhà Trường lần thứ 2 nhiệm kỳ 2012 - 2017 được tổ chức vào ngày 28/6/2012. Đại Hội đã  xác định mục tiêu: " Tiếp tục phát huy bản chất truyền thống bộ đội cụ Hồ, xây dựng Hội không ngừng lớn mạnh, tích cực đổi mới phương thức hoạt động, đoàn kết vươn lên hoàn thành tốt nhiệm vụ, góp phần xây dựng Nhà trường ngày càng phát triển". Đại hội đã bầu ra BCH mới với 05 đồng chí: Đ/c: Trần Trọng Tải - Phó giám đốc Trung tâm Phục vụ trường học – Chủ tịch; Đ/c: Phạm Hồng Mạnh - Giảng viên Khoa Kinh tế - Phó chủ tịch; .Đ/c: Nguyễn Trọng Thảo - Giảng viên Viện KH&NCKTTS - Ủy viên; Đ/c : Trần Ngọc Nhuần - Giảng viên Khoa Cơ khí - Ủy viên; Đ/c: Trần Văn Thuần - Phó giám đốc Trung tâm Phục vụ trường học - Ủy viên; Đ/c: Võ Như Nam - Giảng viên Trung tâm Giáo dục quốc phòng Khánh Hòa - Ủy viên và Đ/c: Nguyễn Văn Hân - Cán bộ  Ban Phát triển - Chuyển giao công nghệ - Ủy viên.

Đại hội Hội CCB Nhà Trường lần thứ 3 nhiệm kỳ 2017 - 2022 được tổ chức vào ngày 14/4/2017. Đại Hội đã  xác định mục tiêu: "Phát huy bản chất truyền thống”Bội đội Cụ Hồ”; Trung thành - Đoàn kết- Gương mẫu - Đổi mới ; Xây dựng Hội trong sạch, vững mạnh; Hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ chính trị của Hội góp phần chung xây dựng Trường Đại học Nha Trang thực hiện tốt sứ mạng: “Đào tạo nhân lực trình độ cao, nghiên cứu khoa học, chuyến giao công nghệ, cung cấp dịch vụ chuyên môn đa lĩnh vực, trong đó lĩnh vực thủy là thế mạnh, đáp ứng yêu cầu phát triển kinh tế xã hội”.  Đại hội đã bầu ra BCH mới với 05 đồng chí: Đ/c: TS. Phạm Hồng Mạnh, Chủ tịch; Đ/c: ThS. Trương Trọng Ánh, Phó chủ tịch; Đ/c: Nguyễn Văn Nam, Ủy viên; Đ/c: ThS. Phan Văn Nhữ, Ủy viên; Đ/c ThS: Nguyễn Văn Hân, Ủy viên.

Từ 73 hội viên ban đầu, đến nay Hội có 67 đồng chí. Trong số hội viên có 09 tiến sĩ, 13 thạc sĩ, nhiều đồng chí đang học sau đại học, phần lớn các đồng chí là đảng viên Đảng Cộng sản Việt Nam và giữ các vị trí quan trọng trong các đơn vị của Nhà Trường. Hiện nay Hội CCB Nhà Trường được tổ chức thành 03 Chi hội, mỗi chi Hội đều có các đồng chí Chi Hội Trưởng phụ trách.

Hội Cựu chiến binh Trường Đại học Nha Trang là một tổ chức Đoàn thể Chính trị, đại diện ý chí và quyền lợi của hội viên do Đảng trực tiếp lãnh đạo. Mục đích của Hội là phát huy truyền thống “Bộ đội Cụ Hồ”, tham gia vào các hoạt động của Nhà trường. Xác định trách nhiệm đó, trong những năm qua, Hội Cựu chiến binh Việt Nam Trường Đại học Nha Trang đã phối hợp với các đơn vị trong Trường tổ chức giáo dục truyền thống cách mạng cho sinh viên; chăm lo đời sống tinh thần, vật chất, cho đồng chí, đồng đội. Mỗi hội viên luôn phát huy tính chiến đấu, tính gương mẫu và bản chất tốt đẹp của người chiến sĩ Quân đội nhân dân Việt Nam trong cương vị của mình, góp phần thúc đẩy sự ổn định và phát triển của Nhà Trường để phấn đấu đưa Trường Đại học Nha Trang trở thành một trong những trường trọng điểm của khu vực Nam Trung Bộ và cả nước.