Các phòng thí nghiệm (PTN) phù hợp với chuyên môn ngành CNSTH tại trung tâm như Phòng thí nghiệm hóa, Phòng thí nghiệm hóa - vi sinh, Phòng phân tích kiểm nghiệm và cảm quan thực phẩm, PTN bảo quản, chế biến sản phẩm thực phẩm, PTN bảo quản, chế biến sản phẩm thủy sản sau thu hoạch. PTN Công nghệ Sinh học-Môi trường.

Rất nhiều dụng cụ, máy và thiết bị chế biến, máy và thiết bị phân tích cơ bản và hiện đại tại các PTN nêu trên. Ví dụ: máy đóng gói PE,PA chân không, máy li tâm lạnh, thiết bị sấy phun, máy đo tốc độ gió và nhiệt độ, máy đo màu thực phẩm cầm tay, thiết bị xác định sinh học chuyển gen (GMO), máy chụp ảnh gel, máy so màu UV/VIS, máy đo lưu biến,.....