Bộ môn Kiểm toán được thành lập từ năm 2010 trên cơ sở tách từ Bộ môn Kế toán thuộc Khoa Kế toán – Tài chính, Trường Đại học Nha Trang. Bộ môn đảm nhiệm các môn học Kiểm toán, Luật kiểm toán, Kiểm soát nội bộ, Hệ thống thông tin kế toán, Kế toán quản trị, Kế toán chi phí, Phân tích hoạt động kinh doanh,  Kế toán hành chính sự nghiệp nhằm phục vụ việc đào tạo sinh viên chuyên ngành kế toán ở các cấp độ Đại học, Cao Đẳng, Trung Cấp có phẩm chất chính trị, có đạo đức và sức khỏe tốt, nắm vững những kiến thức cơ bản về Kế toán, Kiểm toán và Hệ thống thông tin Kế toán. Sinh viên sau khi tốt nghiệp có thể làm việc ở các doanh nghiệp, các ngân hàng, công ty tài chính, các trường hay các cơ sở đào tạo kế toán và các cơ quan nhà nước khác.