BỘ MÁY QUẢN LÝ NHÀ TRƯỜNG
Bộ máy quản lý của Trường Đại học Nha Trang gồm 3 cấp: cấp Trường, cấp Khoa và cấp Bộ môn.

Cấp trường

Đứng đầu mỗi Khoa là Trưởng khoa. Giúp việc cho Trưởng khoa là các Phó Trưởng khoa. Mỗi khoa có một số bộ môn, đứng đầu mỗi bộ môn là  Trưởng bộ môn. Hiện nay Trường đại học Nha Trang có các Khoa và Bộ môn sau đây:

Khoa Kinh tế                                                  ĐT: (058)3831149.227, 3832070
Phụ trách giảng dạy và nghiên cứu các vấn đề về quản lý kinh tế, tổ chức sản xuất và kinh doanh trong nghề cá nói riêng, trong các cơ sở sản xuất và kinh doanh công nghiệp nói chung. Khoa có các Bộ môn:

Khoa Nuôi trồng Thủy sản                                           ĐT: (058)3831149.165, 3832071
Phụ trách giảng dạy và nghiên cứu các vấn đề về quản lý, bảo tồn, tái tạo, bổ sung, nuôi trồng và bệnh học các loại thủy hải sản. Khoa có các Bộ môn:

Khoa Công nghệ Thông tin                                       ĐT: (058)3831149.209 , 3832076
Phụ trách giảng dạy, nghiên cứu thuộc lĩnh vực Công nghệ Thông tin. Khoa có các Bộ môn:

Khoa Lý luận Chính trị                                   ĐT: (058)3831149.254, 3832074

Là Bộ môn trực thuộc Giám hiệu. Nhiệm vụ của Bộ môn là tổ chức và quản lý giảng dạy các môn khoa học lý luận Mác Lênin, Tư tưởng Hồ Chí Minh; và tổ chức thực hiện công tác giáo dục chính trị tư tưởng, bồi dưỡng nhân cách, phẩm chất, năng lực chính trị và năng lực công dân cho toàn thể sinh viên.

v  Các Trung tâm và Viện nghiên cứu, đào tạo triển khai ứng dụng  KHCN, dịch vụ và phục vụ

Trung tâm Giáo dục Quốc phòng                             ĐT: (058)3831149
Có chức năng tổ chức, quản lý, và triển khai giảng dạy các môn học quốc phòng.

Viện nghiên cứu sinh học và MT                             ĐT: (058)3831149.174, 3832075
Có chức năng tổ chức quản lý và triển khai các hoạt động thực nghiệm khoa học trong lĩnh vực Công nghệ sinh học và bảo vệ môi trường phục vụ đào tạo và nghiên cứu khoa học.

Viện NC Chế tạo Tàu thủy                                          ĐT: (058)3831151
Có chức năng tổ chức các hoạt động khoa học công nghệ phục vụ cho việc nghiên cứu, chế tạo tàu đánh cá và các loại tàu chuyên dụng hoạt động trên biển.

Viện Nuôi trồng Thủy sản                                            ĐT: (058)3881131
Trung tâm có nhiệm vụ nghiên cứu ứng dụng các thành tựu mới vào việc sinh sản nhân tạo và ương nuôi các loại giống tôm cá và hải đặc sản.

Trung tâm NC và Phát triển CNPM                               ĐT: (058)3831149.208
Trung tâm có nhiệm vụ nghiên cứu khoa học, triển khai ứng dụng và sản xuất phần mềm tin học. Tư vấn, thiết kế và xây dựng các hệ thống thông tin quản lý. Tổ chức bồi dưỡng chuyên viên, kỹ thuật viên, lập trình viên tin học. Triển khai ứng dụng các phần mềm tin học, tư vấn, thực hiện và dịch vụ khoa học và công nghệ về lĩnh vực công nghệ thông tin.

Trung tâm Ngoại ngữ                                                     ĐT: (058)3831149.135
Trung tâm có nhiệm vụ tổ chức đào tạo các ngoại ngữ Anh, Pháp, Nga, Trung,... theo các chương trình chứng chỉ quốc gia, và tổ chức liên kết đào tạo bậc đại học phi chính qui cho các đối tượng người học có nhu cầu. 

TT NC Giống và Dịch bệnh TS                                        ĐT: (058)3831149.168
Trung tâm có nhiệm vụ nghiên cứu phát triển và chuyển giao các quy trình công nghệ sản xuất giống nhân tạo cá biển và các loại hải đặc sản, các biện pháp chuẩn đoán, phòng trị dịch bệnh thủy sản theo nhu cầu của các cá nhân và đơn vị trên toàn quốc. 

Thư viện                                                                        ĐT: (058)3831149.177
Nhiệm vụ chính là tổ chức, quản lý và khai thác hệ thống thông tin tư liệu, các hoạt động Thư viện, phục vụ cho công tác đào tạo, nghiên cứu khoa học và quản lý.