Bộ môn Quản lý Thủy sản được thành lập vào ngày 13/6/2018. theo quyết định số 709/QĐ-ĐHNT của Hiệu trưởng Trường Đại học Nha Trang. Cùng với kinh nghiệm 60 năm xây dựng và phát triển Nhà Trường, Viện Khoa học và Công nghệ Khai thác Thủy sản, Bộ môn Quản lý Thủy sản đã và đang đào tạo hàng trăm kỹ sư chuyên ngành quản lý thủy sản phục vụ công tác quản lý lĩnh vực thủy sản trong cả nước.
Đội ngũ giảng viên của Bộ môn hiện nay gồm 6 thành viên. Trong đó, có 3 Tiến sĩ, 2 Thạc sỹ và 1 cử nhân là những người có kinh nghiệm trong công tác giảng dạy, nghiên cứu khoa học và chuyển giao công nghệ, có nhiều tâm huyết với nghề nghiệp.
Bộ môn quản lý đào tạo bậc Đại học ngành "Quản lý Thủy sản" với số lượng chiêu sinh mỗi năm tầm 50 đến 100 sinh viên.