Bộ môn hàng hải liên kết, hợp tác với một số cơ quan, tổ chức sau để thực hiện hoạt động đào tạo và nghiên cứu khoa học:

1- Hợp tác Dự án “Xây dựng ATLAS ngư cụ cho nghề cá nội địa của các tỉnh miền Trung (từ Quảng Bình đến Bình Thuận)- Hợp phần SCAFI

2- Hợp tác với Quỹ quốc tế bảo vệ thiên nhiên tại Việt Nam, ký hợp đồng chuyến biển khảo sát rùa vướng lưỡi câu cá ngừ đại dương

3- Hợp tác với Cục Khai thác-BVNLTS xây dựng Đề án Nghiên cứu giải pháp đảm bảo neo đậu an toàn cho tàu thuyền nghề cá trong mùa bão.

4- Hợp tác với Sở Nông nghiệp PTNT tỉnh Quảng Ngãi, xây dựng Dự án Khai thác nguồn lợi thuỷ sản vùng biển Khu kinh tế Dung Quất.

5. Hợp tác với Trường Đại học Nông Nghiệp Hà Nội trong việc biên soạn giáo trình Khoa học kỹ thuật Bảo hộ lao động cho sinh viên bậc đại học, cao đẳng, trung cấp của khối Lâm-Ngư.

6. Hợp tác với Khuyến Nông Trung ương, xây dựng kế hoach nhiệm vụ Khuyến ngư 2009.

7. Hợp tác với các Cảng vụ hàng hải, Chi cục Bảo vệ nguồn lợi Thủy sản ở các địa phương trong việc gửi sinh viên thực tập giáo trình.