Đại hội Đảng bộ lần thứ XII tổ chức vào tháng 10/1991 tại Nha Trang. Có 105 Đảng viên tham dự.
    Đại hội khẳng định: mặc dù tình hình tư tưởng CBCC và SV trong giai đoạn này có những xáo trộn, nhưng về cơ bản là ổn định, niềm tin và sự lựa chọn đi lên XHCN theo mục tiêu dân giàu nước mạnh, xã hội công bằng văn minh mà Đảng và Bác Hồ đã lựa chọn vẫn được giữ vững.
    Đại hội xác định 3 nhiệm vụ trọng tâm là: Tăng cường và đổi mới công tác tư tưởng, công tác quần chúng và công tác bảo vệ trật tự an ninh trong Trường. Lãnh đạo đổi mới công tác chuyên môn theo chủ trương cải cách giáo dục - đào tạo của Đảng. Chăm lo xây dựng Đảng bộ trong sạch vững mạnh.
    Đại hội bầu Ban chấp hành gồm 9 đồng chí: