Đại hội Đảng bộ lần thứ XVI được tổ chức vào ngày 18/11/2000 tại Nha Trang. Có 122 Đảng viên tham dự.
    Đại hội khẳng định: một mặt phải tìm cách củng cố và nâng cao một bước chất lượng các hoạt động giáo dục chính trị, đào tạo, khoa học và quan hệ đối ngoại...để đổi mới toàn diện Nhà trường, mặt khác phải ra sức chuẩn bị lực lượng cả về nhân tài vật lực để tiếp tục con đường tiến đến một đại học đa ngành.
Đại hội cũng xác định: chúng ta vừa thừa hưởng những thành quả to lớn của công việc đổi mới toàn diện đất nước và của ngành, nhưng vẫn đứng trước nhiều thử thách trên con đường xây dựng và phát triển. Mọi sự lãnh đạo chỉ đạo trong nhiệm kỳ này phải nhằm mục đích làm thế nào phát huy được nội lực tiềm tàng của bản thân Nhà trường, nhưng cũng phải tranh thủ mọi điều kiện và khả năng hỗ trợ giúp đỡ từ Nhà nước, tỉnh Khánh Hòa, Bộ giáo dục và Đào tạo và Bộ Thủy sản cũng như các địa phương trong cả nước để đi lên.
    Đại hội bầu Ban chấp hành gồm 11 đồng chí: