Cơ sở vật chất phục vụ nghiên cứu khoa học và đào tạo của Bộ môn gồm Trạm nuôi biển Vũng Ngán – Vịnh Nha Trang và Trại sản xuất giống cá biển Đường Đệ - Nha Trang.
Trạm nuôi biển Vũng Ngán được đặt trên một vị trí có điều kiện tự nhiên và môi trường rất thuận lợi cho các hoạt động nuôi thương phẩm các đối tượng hải sản có giá trị kinh tế cao. Hiện nay, với hơn 40 ô lồng, Trạm nuôi biển Vũng Ngán được sử dụng vào các mục đích:
1. Thuần hóa, lưu giữ, bảo quản tinh đàn cá bố mẹ, cho đẻ và thu vớt trứng (cá chim vây vàng, cá hồng bạc, cá giò, cá hồng mỹ, cá dìa, cá mú, cá chẽm, cá chẽm mõm nhọn,…)
2. Nghiên cứu công nghệ nuôi thương phẩm các đối tượng cá biển có giá trị kinh tế cao (hệ thống nuôi, kỹ thuật chăm sóc quản lý, thức ăn, phòng trừ dịch bệnh,…)
3. Triển khai các đề tài nghiên cứu khoa học công nghệ, dự án sản xuất thử nghiệm, các khảo nghiệm và dịch vụ nuôi trồng hải sản,…
4. Là nơi sinh viên thực tập, thực hành đồ án tốt nghiệp, khách thăm quan tìm hiểu và hợp tác với Bộ môn, Viện,…
Trại sản xuất giống cá biển Đường Đệ - Nha Trang là một trại sản xuất giống quy mô nhỏ được bố trí và xây dựng hợp lý, trang thiết bị đầy đủ phục vụ cho các hoạt động sản xuất giống và ương cá biển. Trại là nơi triển khai các hoạt động:
1. Ấp nở trứng, ương nuôi ấu trùng và cá giống các loài cá biển (cá chim vây vàng, hồng bạc, cá giò, cá hồng mỹ, cá dìa,…)
2. Nghiên cứu công nghệ ương cá biển từ giai đoạn ấu trùng đến giai đoạn giống (hệ thống ương, kỹ thuật chăm sóc quản lý, thức ăn, phòng trừ dịch bệnh,…)
3. Triển khai các đề tài nghiên cứu khoa học công nghệ, dự án sản xuất thử nghiệm, các khảo nghiệm và dịch vụ liên quan đến con giống và thức ăn của các đối tượng hải sản,…
4. Là nơi sinh viên thực tập, thực hành đồ án tốt nghiệp, khách thăm quan tìn hiểu về các hoạt động sản xuất giống các đối tượng cá biển của Viện,…
Trại được phân làm các khu sản xuất thức ăn, khu bể ấp, ương ấu trùng cá biển, khu nuôi thức ăn sống, khu thí nghiệm, khu xử lý và lưu trữ nước,… Tổng thể tích bể ương trên 170 m3, bể chứa 120 m3. Hiện nay, trại đang được sử dụng sản xuất giống cá biển các loài cá chim vây vàng, cá chẽm, cá giò,… với công suất hàng năm đạt được từ 1 – 2 triệu con cá giống các loại.Nguồn cá giống của trại sản xuất ra được người nuôi đánh giá cao, đáp ứng nhu cầu nuôi cá biển không chỉ miền Nam Trung Bộ mà còn tại nhiều nơi trên cả nước.
Trong Trại sản xuất giống cá biển Đường Đệ còn có khu sản xuất thức ăn công nghiệp cho cá biển và tôm hùm. Với bề dày kinh nghiệm nghiên cứu dinh dưỡng và thức ăn thủy sản nhiều năm qua dưới sự chủ trì của PGS. TS. Lại Văn Hùng, Bộ môn đã sản xuất thành công thức ăn công nghiệp cho tôm hùm bông, tôm hùm xanh, cá chim vây vàng, cá chẽm, cá giò,… Sự liên kết, hợp tác giữa Bộ môn và các công ty sản xuất thức ăn thủy sản đã sản xuất thành công và cung cấp ra thị trường các loại thức ăn cho ương giống và nuôi thương phẩm cá biển.