Bộ máy lãnh đạo Viện Nuôi trồng Thủy sản tinh gọn với Giám đốc và 2 Phó giám đốc. Hỗ trợ cho Ban giám đốc là các Trưởng bộ môn cùng Thư ký kiêm kế toán của Viện.
Viện trưởng: PGS.TS. Phạm Quốc Hùng
Phó viện trưởng (NCKH): TS. Nguyễn Tấn Sỹ
Thư ký kiêm kế toán: Bùi Thị Thanh Thủy