Nhà làm việc của Viện Nuôi trồng Thủy sản tọa lạc tại Tầng 3 - Khu nhà B2 của Trường Đại học Nha Trang, bao gồm văn phòng Viện, phòng chuyên đề, văn phòng Đoàn và các văn phòng bộ môn.
Sinh viên của Viện NTTS học tập tại các giảng đường G2, G3 và G5 với các phòng học được trang bị đầy đủ phương tiện hỗ trợ cần thiết.
Cán bộ và sinh viên Viện NTTS triển khai các hoạt động nghiên cứu trong phòng cũng như thực hành tại Trung tâm Thí nghiệm thực hành của Trường với các phòng thí nghiệm liên quan sau:
Các nghiên cứu của Viện Nuôi trồng Thủy sản được triển khai tại các cơ sở chính bao gồm:
- Trại thưc nghiệm Nuôi cá nước ngọt Ninh Phụng với diện tích gần 8 ha, gồm nhiều ao được bê-tông hóa, là nơi triển khai các nghiên cứu trên đối tượng thủy sản nước ngọt.
- Trại nghiên cứu Nuôi trồng Thủy sản Cam Ranh đặt tại Thôn Mỹ Thanh, Xã Cam Thịnh Đông, Cam Ranh, Khánh Hòa. Đây là nơi triển khai các đề tài nghiên cứu, thực nghiệm, khảo nghiệm các đối tượng nuôi thủy sản nước lợ.
- Trạm nuôi biển Vũng Ngán là khu lồng bè nghiên cứu nuôi vỗ, ương giống và nuôi thương phẩm các đối tượng tôm cá biển với hơn 30 vuông lồng. Sắp tới, bè nuôi biển Vũng Ngán sẽ được nâng cấp, mở rộng, kiên cố hóa nhằm mục tiêu phát triển nghiên cứu ứng dụng nuôi thủy sản nước mặn của Viện.
Ngoài ra, Viện NTTS còn có Bảo tàng Sinh vật, là nơi lưu giữ mẫu vật phục vụ hoạt động đào tạo và nghiên cứu khoa học.