Theo quá trình phát triển, các đơn vị trực thuộc Viện Nuôi trồng Thủy sản đã nhiều lần được thành lập, mở rộng, tách mới và sáp nhập. Đến nay, trực thuộc Viện có 3 bộ môn chuyên ngành là Bộ môn Cơ sở sinh học nghề cá, Bộ môn Kỹ thuật NTTS và Bộ môn QLSK động vật thủy sản. Mỗi bộ môn trực tiếp quản lý một cơ sở thực nghiệm: Trại thực nghiệm Ninh Phụng, trại thực nghiệm Cam Ranh. Các trạm trại này cùng Bảo tàng Thủy sinh vật cung cấp đầy đủ cơ sở vật chất phục vụ nhu cầu đào tạo, học tập và nghiên cứu của Viện.
Bộ môn Cơ sở sinh học nghề cá
Bộ môn Kỹ thuật NTTS
Bộ môn QLSK động vật thủy sản
Nằm trong khuôn viên Trường,
Bảo tàng Thủy sinh vật là nơi lưu trữ và trung bày mẫu động thực vật thủy sinh phục vụ hoạt động đào tạo và nghiên cứu khoa học.