Hiện nay, Bộ môn Công nghệ Thực phẩm đang thực hiện đào tạo các bậc từ trung cấp đến đại học ngành công nghệ thực phẩm hệ chính quy tại Nha Trang. Bên canh đó, Bộ môn cũng liên kết đào tạo với nhiều cơ sở đào tạo khác như tại Phan Thiết - Bình Thuận, tại Buôn Ma Thuột - Đăk Lăk, tại Trường Đại học Bách khoa Hà Nội,... Chương trình đào tạo các bậc ngành Công nghệ Thực phẩm như sau

1. Chương trình đào tạo theo hệ thống niên chế - nửa tín chỉ (áp dụng từ khóa 47 - 51)

- Bậc Trung cấp

- Bậc Cao đẳng

- Bậc Đại học 

2. Chương trình đào tạo theo hệ thống tín chỉ triệt để (áp dụng cho khóa 52, 53)

- Bậc Đại học

Ngoài ra, một số giảng viên của Bộ môn Công nghệ Thực phẩm cũng đã và đang áp dụng chương trình đào tạo tiên tiến của các nước phát triển đối với một số học phần chuyên ngành.