HỢP TÁC TRONG NƯỚC
Viện đang duy trì và phát huy hợp tác với các đối tác trong nước như: Viện Công nghệ sinh học và Môi trường - Đại học Nha Trang, Viện Hải dương học Nha Trang, Viện Nghiên cứu Hải sản Hải Phòng, Viện Nghiên cứu Nuôi trồng Thủy sản III - Nha Trang, Tổng Cục Thủy sản, Cục Khai thác và Bảo vệ Nguồn lợi Thủy sản, Trung tâm Khuyến nông Quốc gia, Chi cục Khai thác và Bảo vệ Nguồn lợi Thủy sản của 28 tỉnh thành trong cả nước và các Cảng vụ Hàng hải Nha Trang, Quy Nhơn, Cà Mau, Vũng Tàu...
Đoàn làm việc của Viện tại Nghệ An
Đoàn làm việc của Viện tại Bến Tre
Đoàn làm việc của Viện tại Cà Mau
HỢP TÁC QUỐC TẾ
Viện đã và đang mở rộng hợp tác với các đối tác nước ngoài như FAO, Đại học Cao Hùng (Đài Loan), Đại học Tromso (NaUy), Đại học hàng hải Úc (AMC), Ice Land, Thái Lan, Asian Fisheries Science Journal, POSMA (Đan Mạch), tổ chức ’Mặt trời Pháp ngữ’.
DOANH NGHIỆP
Hiện nay, Viện có mối quan hệ với công ty cổ phần SIAMBROTHERS VIỆT NAM để đưa sinh viên vào thực tập tại công ty.