Hiện nay, Khoa đang có quan hệ hợp tác với các trường, viện nghiên cứu thực phẩm - thủy sản; doanh nghiệp chế biến thực phẩm - thuỷ sản; cơ quan quản lý nhà nước về thực phẩm - thủy sản trên phạm vi cả nước. Bên cạnh đó, Khoa cũng có quan hệ hợp tác với hơn 20 trường, viện, cơ quan quản lý về thực phẩm và thủy sản ở 14 nước khác nhau trên thế giới như Mỹ, Canada, Iceland, Đan Mạch,...