Viện Công nghệ sinh học và Môi trường - Trường Đại học Nha Trang hiện tại có 3 bộ môn chuyên ngành phụ trách đào tạo chuyên ngành Công nghệ sinh học và Công nghệ Kỹ thuật Môi trường
Bộ môn Công nghệ sinh học
Bộ môn Sinh học
Bộ môn Công nghệ Kỹ thuật Môi trường